Milena Šubrtová působí na pracovišti od roku 1989 a v pedagogické i badatelské činnosti se zaměřuje na současnou českou a světovou literaturu pro děti a mládež. Zabývá se zejména tematikou smrti a handicapu v prozaické tvorbě pro děti a mládež, propojením textu a obrazu v autorských publikacích. Věnuje se popularizaci kvalitních dětských knížek (opakovaně působila jako porotkyně literárních cen Magnesia Litera a Zlatá stuha, pravidelně spolupracuje se slovenským časopisem o umění pro děti Bibiana, autorsky se podílela na katalozích Nejlepší knihy dětem). Dlouholetý zájem o parfémy se odrazil v nabídce volitelného předmětu sledujícího literární zobrazení a historii parfémů v evropské kultuře.